Especies de la familia rubiáceas, palmas como la Hyospathe y el arbusto Miconia metallica. Los árboles más comunes son el cobalonga Billia columbiana, cacaón Meliosma pitteriana, yagrumo Cecropia santanderensis, palma bendita Ceroxylon ceriferum.

Entre las especies más impactantes por su belleza se destaca la orquídea Cattleya mossiae denominada popularmente Flor de Mayo, flor emblemática nacional. Esto ha traído como consecuencia su extinción casi total en algunas zonas del parque, por la extracción de que son objeto.